Año 2552. El planeta Tierra existe todavía, pero la superpoblación ha obligado a muchos de sus últimos habitantes a colonizar otros mundos. Los viajes por encima de la velocidad de la luz son ahora una realidad, y el Gobierno Unido de la Tierra, a través del Mando de las Naciones Unidas del Espacio, ha puesto todo su empeño en el esfuerzo colonizador; millones de humanos viven ahora en planetas habitables de otros sistemas solares. Una pieza clave en los esfuerzos de colonización de la humanidad es el planeta Reach, un depósito interestelar que produce naves coloniales para los ciudadanos y naves militares para las fuerzas armadas del MNUE. Por su cercanía a la Tierra, Reach es también un centro de actividad militar y científica.

Hace 32 años, se perdió el contacto con la colonia exterior de Harvest. Un grupo de combate enviado a investigar fue destruido casi por completo. A Reach sólo volvió una nave gravemente dañada. Su tripulación hablaba de una nave de guerra alienígena supuestamente imparable que les había aniquilado sin ningún esfuerzo.

Este fue el primer encuentro de la Humanidad con un grupo de alienígenas que llegaron a conocerse como La Alianza, un colectivo de razas alienígenas unidas por su fanática devoción religiosa. Los ancianos religiosos de la Alianza consideraron que la Humanidad ofendía a sus dioses, y la casta de guerreros de la Alianza declaró de inmediato la guerra santa.

Después de una serie de aplastantes derrotas y de colonias arrasadas, el Almirante del MNUE Preston Cole estableció el Protocolo Cole, por el cual ninguna nave podía conducir a la Alianza hasta la Tierra, ni siquiera de forma inconsciente. Cuando se vieran obligadas a retirarse, las naves debían evitar los vectores con destino a la Tierra, incluso si eso significaba saltar al hiperespacio sin los cálculos de navegación adecuados. Las naves en peligro de ser capturadas debían autodestruirse.

En Reach, un proyecto militar secreto para crear super-soldados cyborgs, adquiere una gran importancia. En las pruebas realizadas, los soldados del proyecto SPARTAN-II ofrecen un impresionante registro contra la Alianza, pero existen muy pocos de estos soldados como para cambiar el rumbo de la guerra.

Los soldados SPARTAN-II ya existentes son llamados a Reach para aumentar su número. El plan es cargar una nave de la Alianza con los nuevos SPARTAN-II y descubrir el paradero del mundo de la Alianza. Dos días antes del comienzo de la misión, fuerzas de la Alianza atacan Reach y devastan la colonia. La Alianza está ahora a un paso de la Tierra. Una nave, el Baluarte de Otoño, escapa con los últimos SPARTAN-II y efectúa un salto a ciegas al hiperespacio, esperando arrastrar consigo a la Alianza lejos de la Tierra